Das Institut wurde 1999 von der Arbeitsgemeinschaft Koevolution, einem Verein im Sinne von Artikel 60ff. ZGB, gegründet. Vereinszweck ist die Verbreitung des systemischen und beziehungsökologischen Denkens sowie die psychotherapeutische Fort- und Weiterbildung. 

Bis Juni 2009 stand das Institut unter der Leitung von Prof. Dr. med. Jürg Willi. Jürg Willi war bis zu seiner Emeritierung im Frühling 1999 Ordinarius für Psychiatrie und Psychotherapie an der Universität Zürich und Leiter der Psychiatrischen Poliklinik des Universitätsspitals Zürich. Die Arbeitsgemeinschaft Koevolution bietet seit den 80er Jahren Weiterbildung in systemischer Paar- und Familientherapie an.

Heute wird das Institut gemeinsam geleitet durch den Vorstand, bestehend aus 

Dr. med. Sebastian Haas
MSc. Hanne Hutter
lic.phil. Maria Kapossy
Dr. med. Bernadette Ruhwinkel
Dr. phil. Lukas Scherer